La FCE participa junto a otras Unidades Académicas sedes de las siguientes carreras:
Doctorado en Estudios Sociales.
Carrera conjunta entre Facultad de Humanidades y Ciencias, Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales y Facultad de Ciencias Económicas de la Universidad Nacional del Litoral.
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Maestría en Negocios Agroalimentarios.
Carrera conjunta entre las Facultades de Ciencias Económicas y de Ciencias Agrarias de la Universidad Nacional del Litoral.
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Maestría en Gestión Ambiental.
Carrera compartida con todas las Facultades de la UNL, el Instituto de Desarrollo Tecnológico para la Industria Química (INTEC) y el Instituto Nacional de Limnología (INALI).
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Maestría en Desarrollo y Políticas Públicas.
Propuesta académica impulsada por la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales, de Humanidades y Ciencias y de Ciencias Económicas de la Universidad Nacional del Litoral.
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Especialización en Gestión y Vinculación Tecnológica.
Carrera compartida con diez Unidades Académicas de la UNL, con sede administrativa en la Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas de la UNL.
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