La FCE forma parte de redes nacionales e internacionales de investigación científica y tecnológica. Más de 30 grupos de investigadores participan en I+D en temáticas vinculadas a las 5 líneas priorizadas: Empresas agro-alimentarias; Desarrollo de Pymes; Desarrollo de Empresas y Competitividad Productiva; Gestión y Finanzas Públicas; Calidad de Vida y Desarrollo Económico Social.

Además, la Facultad cuenta con tres institutos de investigación: el Instituto de Humanidades y Ciencias Sociales del Litoral, IHUCSO, el Instituto de Economía Aplicada Litoral, IECAL y el Instituto de Estudios de los Discursos Académicos y Profesionales de la Ciencias Económicas, INDICE. A su vez, cuenta con dos observatorios, el Observatorio Académico y el Observatorio Económico Territorial.